CENTRAS memiliki 5 divisi dalam pelaksanaan kegiatannya.
- Divisi Nutrisi dan Teknologi Pakan
Pengembangan berbagai jenis sumber pakan tropika, sistem pemanfaatan ternak dalam program konservasi lingkungan dan reklamasi lahan, dan pengembangan sistem kontrol kualitas pakan - Divisi pembiakan dan reproduksi
Pemanfaatan dan pelestarian plasma nutfah hewan dan ternak lokal. Pengembangan teknologi pengolahan hasil peternakan, pengembangan industri peternakan, dan pengembangan dan pengelolaan industri peternakan yang ramah lingkungan - Divisi kesehatan hewan dan epidemiologi lingkungan
Melaksanakan penelitian epidemiologi penyakit hewan dan kesehatan lingkungan, analisis risiko penyebaran penyakit hewan dan kesehatan lingkungan, serta menyelenggarakan kegiatan peningkatan kompetensi sumber daya di bidang epidemiologi - Divisi peternakan dan sosial ekonomi
Melakukan penelitian dampak sosial ekonomi wabah penyakit hewan, analisis biaya manfaat kegiatan pencegahan dan pengendalian penyakit hewan, serta studi kelayakan pengembangan peternakan. Pelatihan khusus untuk meningkatkan sumber daya manusia - Divisi satwa liar dan akuatik
Menyelenggarakan penelitian pemantauan dan pengendalian kesehatan satwa liar dan air serta menyelenggarakan penyelenggaraan konservasi satwa liar